A metodologia de trabalho da Ulivre se constrói na medida em que a comunidade universitária experimenta a prática, a execução/avaliação de suas atividades.  Cada experiência, cada iniciativa se constitue em recursos que colaboram para o melhoramento dos processos metodológicos, tanto do ponto de vista organizacional, como dos métodos pedagógicos e didáticos implementados.

Em termos gerais, a Universidade Livre tem funcionado com base em Nodos de Trabalho e Programas de Trabalho. Não obstante, é possível propor novas modalidades e instâncias não definidas no momento.