La Metodología de Trabajo  de ULibre se va construyendo en la medida en que la comunidad universitaria experimenta en la práctica la ejecución/evaluación de sus actividades. Cada experiencia, cada iniciativa se constituye en un insumo que puede aportar al mejoramiento de los procesos metodológicos, tanto desde el punto de vista organizacional, como en relación con los métodos pedagógicos y didácticos implementados. 

En terminos generales, la Universidad Libre ha partido funcionando en base a Nodos de trabajo y a Programas de Trabajo. No obstante que es posible proponer nuevas modalidades e instancias no definidas en la actualidad.